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Bioinformatique




Le Laboratoire Génomique, Bioinformatique, et Applications: la bioinformatique pour la "Drug Discovery".

 

 

Le Laboratoire GBA a été créé en 2010 à partir de l'équipe de recherche de la chaire de bioinformatique du Conservatoire National des Arts et Métiers (Cnam). Il est dirigé par le Pr. Jean-François Zagury et comprend une douzaine de chercheurs dont le but commun est la découverte de nouveaux médicaments.

Le Laboratoire a reçu une évaluation AERES très positive en 2013 : A+/A+/A+/A+/A+/A+. Il a la particularité unique d'associer des bioinformaticiens génomiciens (recherche de cibles) avec des bioinformaticiens de drug design (design de nouveaux médicaments). Il est en effet constitué d'une équipe de génomique coordonnée par les Dr Sigrid Le Clerc et Jean-Louis Spadoni (5 chercheurs), d'une équipe de drug design dirigée par le Dr Matthieu Montes (4 chercheurs), et d'une équipe de bioinformaticiens développeurs dirigée par le Dr Cédric Coulonges (4 chercheurs).

De plus le Laboratoire est très proche de la réalité expérimentale car il travaille en aval avec plusieurs start-ups dont notamment Peptinov qui développe des nouveaux composés anti-cytokines. Cette proximité avec l'expérimentation permet de tester rapidement et efficacement les composés identifiés par drug design.

 

Le Laboratoire est très spécialisé en génomique d'association pour l'étude des maladies humaines. Il a développé pour cela plusieurs logiciels performants d'analyse du Génome dont notamment Shape IT ( Delaneau et al., Nature Methods 2012 ; ibid 2013 ).

Le Laboratoire s'est fait connaître dans l'analyse des données génomiques du SIDA avec le projet GRIV (Génétique de la Résistance face à l'Infection par VIH-1). Aujourd'hui, il est aussi le centre d'analyse du consortium international pour l'analyse des données génomiques du SIDA (ICHG) avec l'équipe de recherche du Pr Fellay à Lausanne (EPFL). Comme le montre la liste des publications de l'équipe, si la maladie d'intérêt prioritaire pour l'équipe des génomiciens est le SIDA, des collaborations exploitant le savoir-faire de l'équipe en génomique ont été mises en œuvre dans le cadre de l'étude du vieillissement cutané (Université de Vienne), ou des maladies psychiatriques (CHU Henri Mondor).

Plusieurs inhibiteurs de protéines ont été développés par l'équipe de Drug design, notamment des petites molécules anti-TNF brevetées. Cette équipe a aussi validé de nouvelles méthodes de docking pour le criblage virtuel (voir liste de publications ).

 

La philosophie de l'équipe de recherche a bien été présentée dans deux articles récents faits par le service de presse du Cnam.

 

Les projets en cours portent principalement sur les axes suivants :

•  Projet international d'analyse des données génomqiues du SIDA (ICHG)

•  Développement de nouvelles méthodologies bioinformatiques pour l'exploitation des données génomiques

•  Collaborations pour l'exploitation de données génomiques portant sur des maladies ou phénotypes particuliers

•  Développement de nouveaux outils pour le drug design

•  “Drug discovery“ pour lutter contre différentes maladies humaines

 

Certaines membres du Laboratoire participent aussi aux formations et diplômes de bioinformatique dispensés au Cnam : enseignements de niveau Licence, de niveau Master, diplôme d'ingénieur.

 

 

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Equipe d'accueil:

EA 4627